Родился 26 ноября 1959 года в Белой Калитве Ростовской области (Россия).

Сергей Балахнин в бытность игроком выступал на позициях нападающего и атакующего полузащитника за ростовские «Ростсельмаш» (1979-1980, 1981-1990, 1991-1992, 1993-1995), СКА (1980), краснодарскую «Кубань» (1981), а также финский клуб «КайХа» (1989 – аренда, 1990, 1992-1993).

Стал рекордсменом «Ростова» (в прошлом – «Ростсельмаша») по числу проведенных за команду матчей – 442 (15 сезонов).

Сохранил верность клубу и после окончания карьеры, на протяжении многих лет являлся тренером и главным тренером «Ростсельмаша» («Ростова») (1998-2000, 2001-2007, 2011-2012).

Финалист Кубка России (2002/03).

Возглавлял также подольский «Витязь» (2008-2009) и новосибирскую «Сибирь» (2013-2014).

С 2015 по 2016 год входил в тренерский штаб сборной России.

С 2017 года являлся тренером-консультантом женской сборной России.